В 1990 году здание храма и дом причта были возвращены Русской Православной Церкви.

Настоятелем храма был назначен протоиерей Александр Куликов (1933-2009), уже с начала своего священнического служения в 60-е годы ХХ века духовно окормлявший проживавших в Москве и окрестностях членов «старой» общины храма, сложившейся при настоятельстве святого праведного Алексия и священномученика Сергия Мечёвых.

Первая Божественная Литургия в храме после перерыва длиною почти в 60 лет была отслужена 17 декабря 1990 г., на празднование памяти великомученицы Варвары.

Беcкровная Жертва совершалась на антиминсе из прежнего храма. Он хранился одним из членов церковной общины времен святого праведного Алексия и священномученика Сергия - архимандритом Борисом (Холчевым) и затем был передан о. Александру Куликову. Поначалу клириков храма было всего двое - протоиерей Александр Куликов и диакон, затем священник Николай Чернышев (ныне и.о. настоятеля храма), а богослужебная жизнь начиналась с молебнов перед иконой Божией Матери «Феодоровская». Чтимый образ сохранила Мария Николаевна Соколова (монахиня Иулиания), также член общины, художник, видный современный иконописец.

Постепенно росла численность клириков храма, стало возможным проводить ежедневные богослужения, а затем ввести и ежедневное совершение Божественной Литургии.

Вот как описывает состояние храма той поры очевидец - журналистка из Голландии, побывавшая в Москве через год после начала восстановления, в декабре 1991 г.: «Поднявшись по лестнице на 2-й этаж, я очутилась в притворе, где повсюду лежали доски и кирпичи. Справа был придел Казанской иконы Божией Матери, весь в лесах, неоштукатуренный, но с намеком на иконостас. Слева - вход в придел Святителя Николая, где шла Божественная Литургия. Была Неделя о Страшном Суде. Храм был переполнен. Хор пел молитвенно, медленно… в гармонии с еще не вполне принявшим свой настоящий облик храмом».

Вокруг настоятеля храма святителя Николая в Кленниках прот. Александра Куликова собрались люди, окрыленные надеждой не только возобновить богослужения на этом святом месте, но воссоздать храм таким, чтобы входящий сюда чувствовал особую теплоту, намоленность этих стен.

Конечно, повторение всего, что наполняло храм в конце ХIХ - начале ХХ вв., было невозможным. Идея нового облика храма рождалась «соборно», творчеством всех, принимавших участие в его возрождении. Это было продиктовано не поверхностными, эстетическими соображениями, но желанием о. Александра задействовать творческие силы каждого - всем хотелось внести свою лепту, и батюшка с радостью давал такую возможность. Так объясняется разнообразие стилей, которое мы видим сегодня.

С первого дня передачи храма о. Александр собирал вокруг себя художников и учениц М.Н. Соколовой (монахини Иулиании), ставших у истоков приходской иконописной школы, творческую молодежь. Во многом их силами и был проведен огромный объем восстановительных работ. 

В верхнем храме восстановлены оба придела, существовавшие ранее - святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, чудотворца и Казанской иконы Божией Матери.

В Никольском приделе пребывает главная святыня нашего храма – чудотворная икона Божией Матери «Феодоровская». Она находится на солее справа, в резном киоте.

Иконостас Никольского придела – тябловый. Он выполнен силами своих, храмовых мастеров. В резном киоте c левой стороны солеи – образ святителя Николая. 

Придел Казанской иконы Божией Матери – с алтарной преградой из белого камня. В четверике на потолке сохранились росписи 19 века, остальные фрески выполнены в последнее 20-летие иконописцами храма.

Об убранстве храма и святых иконах, перед которыми мы предстаем всякий раз, входя в храм, рассказ будет вестись отдельно. В иконах и фресках храма – целый мир, история и страны, и Церкви, и храма.

Нижний храм ныне состоит из двух приделов - Всех Святых, в земле Российской просиявших и Святого праведного Алексия и священномученика Сергия.
В нижнем храме пребывает вторая особо чтимая святыня храма - рака со святыми мощами святого праведного Алексия, пресвитера Московского.
Здесь же, внизу, расположено помещение, предназначенное для совершения Таинства Св. Крещения. Оно оборудовано мраморным баптистерием крестообразной формы, в который погружаются крещаемые взрослые.