В 1990 году здание храма и дом причта были возвращены Русской Православной Церкви.

Настоятелем храма был назначен протоиерей Александр Куликов (1933-2009), уже с начала своего священнического служения в 60-е годы ХХ века духовно окормлявший проживавших в Москве и окрестностях членов «старой» общины храма, сложившейся при настоятельстве святого праведного Алексия и священномученика Сергия Мечёвых.

Первая Божественная Литургия в храме после перерыва длиною почти в 60 лет была отслужена 17 декабря 1990 г., на празднование памяти великомученицы Варвары.

После закрытия храма и его разорения в 1932 году здание не было целиком занято конторами различных организаций, но часть его была перестроена под жилье.

Сведения об этом содержатся в изданной Свято-Даниловым монастырем книге о схимонахине Гаврииле (Александровой) - духовной дочери св. прав. Алексия, но матушка проживала в подвальном этаже дома причта. Подробностями того , что в те годы происходило в помещениях самого храма, мы не располагали.

17 декабря 1990 г., в день празднования памяти великомученицы Варвары, во вновь открытом храме святителя Николая в Кленниках была отслужена первая после более чем полувекового перерыва Божественная Литургия.

Многие знают о том, что в нашем храме милостью Божией более десяти лет пребывала чудотворная икона Божией Матери «Скоропослушница» афонского письма. Ныне ее заместил вновь написанный образ той же иконографии, но в памяти прочно остался дивный облик прежней иконы - с нее милостиво взирала на нас Владычица, скорая на слышание наших слабых молитв. При взгляде на образ сразу чувствовалось, что он осенен особой благодатью.