8/21 апреля 1927 года, в Великий четверг, архиепископ Иннокентий Бийский посвятил Бориса Холчева в сан диакона в церкви Святителя Николая при селе Котельники близ Москвы. Отец Борис часто с благодарностью вспоминал архиепископа Иннокентия. Владыка помогал ему наставлениями в духовной жизни и богослужебной практике. Родители благословили Бориса иконой Спасителя. В том же году в Холмищах скончался отец Нектарий, в похоронах и отпевании его отец Борис участвовал как диакон.
Через год на праздник Казанской иконы Божией Матери Борис Холчев рукоположен епископом Арсением Серпуховским, бывшим настоятелем Чудова монастыря, во иерея. Исповедовал его перед рукоположением и приводил к присяге отец Сергий Мечев. Отец Борис стал ближайшим помощником отца Сергия в служении и духовном окормлении прихожан. После ареста отца Сергия в 1929 году все заботы о храме легли на плечи отца Бориса.
Яркие воспоминания об этом времени (осень 1930 — зима 1931 года) сохранил прихожанин Анатолий Борисович Свенцицкий, племянник протоиерея Валентина Свенцицкого:
«Шел мне тогда... десятый год... Я не застал служения великого отца Алексия Мечева, его сына отца Сергия, бывшего в 1930 году в ссылке. Но исповедь в Мечевском храме запомнил на всю жизнь. И сейчас вижу добрые карие глаза, сердечный и теплый голос отца Бориса, тогда священника целибата, а впоследствии старца архимандрита. Необычайно интересна была исповедь, доходчивая до ребенка и в то же время философская и душевно теплая, индивидуальная исповедь. Мне казалось, что когда отец Борис склонился ко мне и на аналой упали его черные густые волосы, я почувствовал, что я уже взрослый и могу все понять.
— Всю жизнь, — сказал отец Борис, указав на Евангелие, — помни, что в этой книге есть все, что нужно твоей душе, ты всегда получишь утешение, ты будешь вместе с самим Христом. Молись, и Он всегда поможет тебе. Ведь ты знаешь, что Христос не «просто добрый Боженька», Он может и указать, и наказать, но всегда на пользу, всегда во благо.
Я стоял завороженный...
— Помни, что Христос и Отец и друг тебе, Он и Бог и Человек одновременно, знаешь ли ты это?
— Знаю, — отвечал я.
— Помни и читай Евангелие всю жизнь, не имей в сердце злобы... Ни к кому. Будь счастливым!»
В начале 1931 года был арестован отец Борис. В 1932 году храм на Маросейке закрыли. Отца Бориса приговорили к пяти годам лагерей. Срок он отбывал сначала на стройке в районе города Красновишерска, а позднее — в лагере в Сибири (город Юрга Кемеровской области), где он работал в свиноводческом хозяйстве. Ссылка для отца Бориса была очень тяжела, особенно страшен был этап. Тех, кто падал на дороге, там и оставляли умирать, этап, не останавливаясь, двигался дальше. Желая поддержать измученных людей, идущих рядом, отец Борис сказал: «Поверьте, придет время, мы и этот этап будем вспоминать, как прошлое».
В сибирской ссылке отец Борис встретил знакомого по Оптиной пустыни — иеродиакона Рафаила. Как ветеринарный врач-фельдшер тот имел привилегию — жил не в общем бараке, а в отдельном свином стойле. Эту же привилегию он выхлопотал для отца Бориса, и там вдвоем они встречали Пасху.
Вот относящиеся к тому времени строки об отце Борисе из стихотворенья Надежды Павлович :
...Был другой: спокоен, строг и светел,
Весь как луч. Тайно помяни нас нарассвете,
Средь уральских круч.
И в бараке задымленном, душном
Он неколебим. Райской лестницей воздушной
Засияй пред ним!
В деревне недалеко от лагеря поселилась одна из духовных дочерей отца Бориса, врач Мария Петровна Лаврова, преданно за ним ухаживавшая, несмотря на тяжелые условия жизни и преклонный возраст, — ей было более 60 лет".
Из лагеря отец Борис вышел в 1935 году: срок был сокращен на год. Отец Борис вернулся в свой родной город Орел, где прожил три года с матерью и сестрой. За время ссылки умер его отец. Туда же, в Орел, перебралась и Мария Петровна.
После двух вызовов в ГПУ он решил поехать туда, где его никто бы не знал. По совету отца Сергия отец Борис вместе с Марией Петровной переехал в Рыбинск. Здесь они сняли домик в тихом переулке. Он числился на иждивении Марии Петровны как ее племянник. Отец Борис получил инвалидность, так как у него снова открылся туберкулез и ослабло сердце, кроме того была очень сильная близорукость.
В 1940 году отец Сергий Мечев тоже переехал в Рыбинск. В окрестностях города происходили его встречи с отцом Борисом.
Последний их разговор произошел весной 1941 года. Они сидели на поваленном дереве недалеко от Волги. Отец Сергий сказал: «Борис, я заболеваю. Я читаю мысли чужих людей». «Батюшка, — возразил отец Борис, — это не болезнь, а прозорливость». Предчувствуя близкую гибель, отец Сергий возложил заботу о духовных чадах на отца Бориса: «Бери Маросейку в свои руки». В день Рождества Иоанна Предтечи отца Сергия арестовали. Погиб он в конце 1941 года.
В Рыбинске отец Борис пробыл десять лет. Он вел почти затворническую жизнь. Изредка только его навещали мать и сестра. Он исповедовал живущих в ссылке духовных чад отца Сергия. Литургию служил дома один. Духовная дочь отца Бориса вспоминала: «До сих пор стоит передо мной облик отца Бориса, каким я увидела его однажды, после литургии, — весь мир, весь тишина, весь свет».
Во время Великой Отечественной войны гонения на Русскую Православную Церковь прекратились. В стране стали открывать храмы и духовные семинарии. В 1948 году отцу Борису стало возможно служить открыто. Определилось и место служения — Средняя Азия. Здесь в послевоенные годы во многих городах возникли православные центры. Поистине Господь может и зло обратить в добро. Сосланные сюда священники и миряне просвещали «людне, сидящие во тьме». Были здесь и маросейские прихожане, посоветовавшие отцу Борису обратиться к владыке Гурию, епискому Ташкентскому. И отец Борис поехал к нему в сопровождении Марии Петровны. В путь отправились налегке, так как не знали, где и как смогут устроиться. По дороге чуть не случилось крушение поезда, но поврежденные рельсы вовремя были обнаружены, катастрофу удалось предотвратить.
В Ташкенте в гостинице отец Борис ожидал своего назначения. Владыка Гурий предполагал направить его в Ашхабад. Но оформление документов затянулось, а вскоре случилось там землетрясение. 15 сентября 1948 года отец Борис был назначен штатным священником храма Преподобного Сергия в город Фергану. Почти сразу он стал благочинным Ферганского округа, а спустя два года — настоятелем.
Впервые в храм Преподобного Сергия отец Борис попал во время литургии. Стоя в алтаре, он был потрясен, что священник пропускает некоторые тайные молитвы. «Несмотря на то, что отец Борис был благочинным, он не возглавлял богослужение, а становился по правую сторону, потому что священник был старый и отец Борис не хотел его унизить». «Псаломщик по своему усмотрению сильно сокращал богослужение. Когда отец Борис попытался навести порядок в совершении богослужения и улучшить внешний вид храма, на него посыпались доносы и клевета. Владыка Гурий все пересылал на разборку самому отцу Борису, не вникая в дело».
После старого священника недолго служил молодой иеромонах Герман. Затем владыка прислал отцу Борису в помощь его давнишнего знакомого по Маросейке отца Петра. После отбытия лагерного срока отец Петр жил трудно, оказался в Ташкенте, даже стоял около храма с нищими.
Служба в храме была ежедневная, утром и вечером. Священники чередовались через неделю, а в праздники служили вместе. По субботам и воскресеньям крестили. Желающих было много, иногда младенцев сорок. Стали приходить и взрослые. Крещение отец Борис совершал только после беседы с оглашенными и их восприемниками.
Каждый праздник отец Борис говорил проповедь. Вскоре народ почувствовал благодать, исходящую от отца Бориса, и в храме стало больше молящихся. Люди приходили и домой. Нередко беседовал с отцом Борисом глава баптистов. К хлыстам, которые были в Фергане и приходили иногда в храм, отец Борис относился строго, не допуская под благословение. Одного человека, выдававшего себя за священника и самочинно совершавшего требы по кишлакам, не разрешил отпевать, так как он умер без покаяния.
Отец Борис очень уставал. Особенно трудны для него были обязанности благочинного. После почти затворнической жизни в Рыбинске ему пришлось окунуться в гущу жизни. Возвращался из поездок по благочинию измученным, но не роптал.
Храм Преподобного Сергия Радонежского был переделан из немецкой кирхи, построенной в готическом стиле. Небольшой, изящный, снаружи блистающий белизной, но внутри весьма убогий. Штукатурная стена разделяла алтарь и клиросы. По сторонам царских врат были расположены иконы Спасителя и Божией Матери. С правой стороны, заслоняя клирос, стояла икона в резном киоте Преподобного Сергия Радонежского, привезенная из Троице-Сергиевой лавры владыкой Гурием. Больше в храме не было крупных образов, вместо иконостаса на белой стене бессистемно были помещены иконы аналойного и меньшего размера и просто картинки, а вместо паникадила висел голубой фонарь.
